Die ABU betreut im Auftrag des Kreises Soest zur Zeit 27 Naturschutzgebiete mit einem Flächenumfang von rund 2.600 ha. Sie erhält hierfür eine Zuwendung, die zu 80% vom Land NRW und zu 20% vom Kreis Soest getragen wird.
Folgende Gebiete werden derzeit betreut:
Die Lippeaue westlich von Lippstadt mit den Kernbereichen Lusebredde, Hellinghauser Mersch, Klostermersch, Wulfesknapp, Goldsteins Mersch und Disselmersch
Fließgewässer: Ahse bei Lohne, Möhne (Eisvogel), Rosenau
Feuchtwiesen: Ahsewiesen, Alpbach, Stockheimer Bruch
außerdem: Enser See (ab 2009), Klärteiche Hattrop, Klärteiche Soest, Lörmecketal (Teilfläche Hoher Stein), Margaretensee, Manninghofer Bach sowie Gieseler und Muckenbruch, Pöppelschetal, Quabbeaue, Salzbrink, Standortübungsplatz Büecke, Steinbruch Lohner Klei, Liethöhle, Lindenthal und Piusberg